偏旁部首不同。
啊字部首是口字旁；阿字部首是阝（反耳）旁。
字义不相同
啊的字义
啊[ā]表示惊异或赞叹：~，下雪了。
啊[ǎ]表示惊疑 ；啊[á]表示追问～?
阿的字义
阿[ā]：用在排行、小名或姓的前面，有亲昵的意味；用在某些亲属名称的前面 。
阿[ē]： 迎合；偏袒；大的丘陵 ；弯曲的地方 ；指山东东阿；姓。